З 1996 року інститут є головною установою науково-методичного центру з виконання науково-технічної програми УААН “Розведення і генетика тварин”.
Постановою Бюро Президії УААН від 11 березня 2004 р. (протокол №3) на інститут покладені обов’язки головної установи з організації та виконання нової науково-технічної програми “Збереження генофонду сільськогосподарських тварин”. З цією метою визначені об’єми робіт для кожної наукової установи, розпочато створення національного банку генофонду порід великої рогатої худоби, коней, свиней, овець, кіз, птиці, звірів, риби, бджіл, шовкопряду з філіями по регіонах України.
Наказом Міністерства аграрної політики України від 9 червня 2003 року №165/54 Інституту розведення і генетики тварин УААН присвоєно статуси селекційного центру з проблем скотарства, лабораторії генетичного контролю та лабораторії з оцінки якості молока.
У 2004 році Інститут отримав ліцензію на проведення генетичної експертизи походження та аномалій великої рогатої худоби, коней, свиней, овець та зі зберігання і реалізації племінних (генетичних) ресурсів – сперми, ембріонів та яйцеклітин великої рогатої худоби, свиней, коней, овець, кіз, птиці, звірів, риби, бджіл, шовкопряду.